Nasze przedszkole rozpoczęło pracę 1 marca 1972 roku jako Przedszkole nr 2 Z.W.Ch.”Elana”. Pierwszym dyrektorem była Pani Jadwiga Kańczewska. Na starych zdjęciach oglądamy surowe mury i trudne warunki, w jakich rozpoczynano wtedy pracę. W roku 1973 mury naszego przedszkola opuściło dziewięcioro absolwentów. Przez wiele lat zmieniały się twarze, wygląd sal i samego przedszkola.
.
W 1977 roku nowym dyrektorem przedszkola została Pani Halina Bartoszyńska. Kronika z tamtych czasów uwieczniła udział dzieci w wielu przeglądach artystycznych, konkursach plastycznych i zawodach sportowych. Nie zabrakło także uroczystości z udziałem żołnierzy, górników, babć, dziadków, rodziców i krewnych.
W 1989 roku obowiązki dyrektora przedszkola przejęła Pani Maria Lamparska-Borowicz i przez 24 lata pracowała na dobre imię naszej placówki w środowisku oświatowym. Niestety w kwietniu 2013 roku musieliśmy się z Nią przedwcześnie pożegnać. Bez wątpienia jednak, na zawsze pozostanie Ona w pamięci i w sercach wszystkich pracowników oraz wychowanków przedszkola.
Od dnia 1 września 2013 roku funkcję tę piastuje Pani Jolanta Szkopińska.
W 1991 roku na skutek przejęcia przedszkoli przez Miasto Toruń nasze przedszkole zmieniło nazwę na Przedszkole Numer 40. W związku z przekształceniami części przedszkoli w przedszkola niepubliczne w 1993 roku, otrzymało nową nazwę i numer – Przedszkole Miejskie Nr 16. Dnia 1 września 1994 r. z inicjatywy Wydziału Oświaty Urzędu Miejskiego w Toruniu zaistniał w Przedszkolu Miejskim nr 16 oddział specjalny dla dzieci niesłyszących i słabosłyszących (w założeniu z częściową integracją z dziećmi pełnosprawnymi), a w 1997 roku powstały dwa oddziały integracyjne, obejmujące dzieci 6-letnie z realizacją podstawy programowej.
W czerwcu 2000 roku na posiedzeniu Rady Pedagogicznej powzięliśmy decyzję, że patronem naszego przedszkola zostanie Kornel Makuszyński. Jego motto „Stracony jest każdy dzień bez uśmiechu” przyświeca nam w codziennej pracy. Uroczystość nadania przedszkolu imienia odbyła się 12 maja 2001 r. i zawsze chętnie obchodzimy rocznicę tego wydarzenia.
.
.
W chwili obecnej przedszkole liczy sześć oddziałów, w tym jeden specjalny oraz jeden integracyjny, do których uczęszcza ok. 125 dzieci. Pracuje tu 20 nauczycieli w tym 5 specjalistów i 12 osób administracji i obsługi. Dzięki zapałowi i zaangażowaniu całego grona pracowników udało nam się stworzyć atmosferę, sprzyjającą podejmowaniu wyzwań, stymulującą do konstruktywnego rozwiązywania problemów, umożliwiającą dzielenie się sukcesami, ale również poszukiwania wsparcia w chwili próby.
.
W marcu 2022 r. obchodziliśmy 50-lecie istnienia naszego przedszkola. Z okazji tak pięknego jubileuszu były zorganizowane różnorodne zabawy, a dzięki uprzejmości Rady Rodziców na wszystkie dzieci czekał słodki poczęstunek.
19 marca 2022 r. dzieci z grup: Świerszcze, Pszczółki i Motyle wystąpiły przed zgromadzonymi gośćmi. Do uświetnienia naszej uroczystości zaprosiliśmy również naszych zdolnych absolwentów. Wspomnieniom, wzruszeniom i uśmiechom nie było końca.
